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技术文章

RNA病毒检测(RT-qPCR法)(新guan病毒研究推荐)

点击次数:20936 发布时间:2020/11/6 17:34:04

 许多病毒都是RNA病毒,如新型管状病毒。上通行的检测方法是RT-qPCR方法。这就离不开RT-qPCR mix。下面给您介绍的这款Mix值得关注,因为它可用于新guan病毒研究检测(不用于诊断),是其中的一个重要组分。

 

一、用途

RNA病毒检测试剂盒(RT-qPCR法)(英文名:ConviFlex™RT-Taq mix用于定性检测和分析RNA病毒和RNA分子,特别适合检测新guan病毒等此类病毒。

二、描述:

1.该试剂盒为实时定量qPCR(RT-qPCR)RNA病毒检测试剂盒。

2. 试剂盒由两种组分组成:

 

组分1.  ConviFlex™ RT-Taq Mix的冻干粉包含:MuLV逆转录酶、Taq聚合酶及dNTP。

其中MuLV逆转录酶,来自小鼠白血病病毒(M-MuLV)并经过基因修饰。

这里的Taq聚合酶另兼具热启动功能。

此Taq酶在室温下,活性被抗体所抑制,当温度达到70°C以上时,才会被完全激活。

在70°C 以下时,由于Taq酶没有完全活化,因此实验不会产生非特异性PCR产物和引物二聚体。热启动Taq酶的使用可使PCR具有更高的特异性和灵敏度。

 

3. 试剂盒使用时,先用复溶缓冲液溶解冻干粉,再加入自备的RNA模板和引物。

推荐使用MB公司提供的新guan病毒的引物/探针(英文名:SARS-CoV-2 Confirm,货号271-2100)

 

4. 该试剂盒适合大多数RT-qPCR体系和qPCR仪类型。关于实验使用的*jia体积、浓度、温度和孵育时间,本文有相应的建议,但实验室仍可依据自己的分析要求作相应调整。

 

三、产品特点:

1. 冻干粉为逆转录酶和Taq酶的预混液,将RNA逆转录与qPCR扩增两个过程合并,一步完成,减少移液次数、避免交叉污染、操作简单,节约时间。

 

2. Taq酶具有70°C热启动功能,显著提高试剂盒的特异性和敏感度。

 

3. 主要组分为冻干粉,4℃保存,储存运输方便,性能稳定。

 

四、需用户自己准备的试剂耗材和仪器

1. 引物、探针(可选)

推荐MB公司提供的新guan病毒的引物/探针(英文名:SARS-CoV-2 Confirm,货号271-2100)

2. 荧光定量PCR仪(qPCR仪)

3. 无DNase和RNase的qPCR反应管

4. 离心机

5. 移液器及带滤芯吸头(不含DNase和RNase)

6. 用户自己的样品。

 

五、样本制备说明:

1. 来自于真核细胞、原核细胞、病毒的RNA以及体外转录的RNA,均可用于检测。

 

2. 制备的RNA必须不含RT-qPCR抑制剂,例如有机溶剂等。

 

3. 尽量减少RNA样品的冻融次数,同时避免RNA酶污染,以减少RNA降解的风险。(RNA降解会极da地限制了RT-qPCR反应的性能)

 

4. 样本制备过程中,注意避免其他DNA的污染,DNA的干扰也会降低qPCR的准确性。

建议采用商品化的RNA提取试剂盒预先处理待检物(如拭子、活检组织、哺乳动物细胞和细菌),例如MB厂家的:

【RNA小提试剂盒】(英文名:ExtractNow™ RNA Mini Kit,货号603-1050)

【病毒RNA提取试剂盒】

(英文名:ExtractNow™ Virus RNA Kit, 货号611-1010/-1050/-1250)

或使用其他已建立的方法。

 

六、操作注意事项:

该试剂盒应仅由经过培训的实验室人员使用。始终穿上合适的防护fu和戴一次性手套。

根据样品类型,应谨慎处理所有样品。该试剂盒不含有害物质。残余物可以根据当地法规丢弃。

 

七、操作步骤

步骤1. 冻干粉ConviFlex™RT-Taq Mix,速离心5秒钟,然后加入260μl复溶缓冲液2×Rehydration Buffer,室温静置5分钟后,涡旋并离心5秒钟,分装,待用或-18℃保存。

步骤2.  每个反应体系为20µl,其中反应mix为15µl。

(1)依据本次试验样本数,制备RT-qPCR的反应mix。

1个反应mix需要:

①ConviFlex™ RT-Taq Mix(即上面复溶的预混液)10µl,

②引物(浓度0.1 - 0.5 µM)

③探针(浓度0.1 - 0.5 µM)

④PCR级水(使每管总体积为15µl)

注:引物和探针的推荐浓度范围是0.1-0.5 μM。

通常,引物浓度过高,会增加引物错配和非特异RT-PCR产物。然而,当RT-PCR程序运行时间较长或使用简并引物时,则推荐引物浓度升高至1 μM。(注意:若使用简并引物,同一RT-PCR分析中,引物之间应具有相同的熔解温度)

(2)将反应mix涡旋并离心5秒钟。

(3)每个PCR管中加入15μl反应mix和5μl样本(抽提后的RNA),

或5μl RNA提取试剂盒中的洗脱缓冲液,作为阴性对照,或5μl PCR级水作为无模板对照,或5μl阳性对照。

(4)扣紧PCR管,然后短暂离心。

(5)将PCR管放置qPCR仪上,盖好盖。

 

步骤3. 在qPCR仪上设置反应程序,

示例:  1 cycle   50 °C for 20 min

1 cycle   95 °C for 10 min

45 cycles 95 °C for 15 sec

60 °C for 1 min

 (以上程序仅依据厂家经验,用户可根据实际情况调整温度和孵育时间)

 

步骤4. 启动程序

 

八、使用注意事项:

1. 使用前应认真阅读说明书。

2. 来自不同批次的试剂不能混合。

3. 试剂盒内的试剂应始终作为一个整体溶解分装。

4. 试剂盒应在效期内使用。

5. 每次PCR至少应设置一个阳性对照。每次PCR至少应设置一个阴性对照和/或一个无模板对照。如果实验者自己抽提RNA,则可使用洗脱缓冲液作为阴性对照。对照必须与待测样品的处理方式相同。您也可能需要其他实验室提供的对照品,例如含高、中、低不同浓度的RNA样品。使用对照,对于确认结果的可靠性或用于排除故障非常有意义。

6. 建议在无RNA和DNA污染的条件下进行RT-PCR,以避免操作过程中DNA或非特异RNA的交叉污染。(MB公司推荐使用PCR污染祛除喷雾,英文名:PCR Clean™,货号15-2025,预先清洁实验环境。)

7. RNA模板浓度,应依据提取RNA的质量、来源、感兴趣基因的相对丰度、以及是否为低拷贝基因,来调整优化。

8. 该试剂盒建议逆转录步骤的温度为50°C。但这个温度及持续时间可根据实验室自己的分析要求进行优化,以增强反应的性能。

原创作者:北京缔一生物科技有限公司

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