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技术文章
qPCR检测支原体方法略述
点击次数:20907 发布时间:2020/11/9 20:45:35
和PCR比起来,qPCR不用跑胶,实时监测扩增状况,操作更为便捷。下面以德国MB Venor®GeM支原体检测试剂盒(qPCR一步法)(Venor®GeM qOneStep)为例,略述检测原理和过程。
该试剂盒包括4管试剂,其中2管分别为缓冲液和PCR水,另2管为*主要试剂。1管即mix,含引物、核苷酸、聚合酶、荧光素标记的探针和内部扩增对照。另1管为阳性对照,均为冻干粉。
它通过扩增高度保守的rRNA操纵子,或者更准确地说,扩增支原体基因组中的16S rRNA编码区,可以特异性地检测支原体。在520nm(FAMTM通道)检测支原体特异性扩增片段。在610nm(HEXTM通道)检测内部扩增对照的扩增。它能特异性检测所有导致细胞污染的柔膜体物种。真核DNA不会被扩增。通过内部对照,可检测PCR抑制剂的存在或不正确的DNA提取引起的假阴性结果。样本为细胞培养上清液。检测程序可在3小时内完成。
在检测前,样本需要一定的制备。具体是将100μl细胞培养上清液转移至无菌的1.5 ml反应管中。关上盖子扣紧。将样品在95°C下孵育5分钟。以速度短暂离心样品(15秒)以沉淀任何细胞碎片。然后可直接取2μl上清液进行qPCR。
qPCR反应体系一共是25ul,其中样本2ul,其余是master mix。注意设置阳性对照、阴性对照(无模板对照)。
如果检测的Ct<40,则表明PCR结果阳性。如果检测的Ct≥40,则PCR反应结果为阴性。如果FAM阳性,则支原体阳性。如果FAM阴性,HEX也阴性,表明PCR扩增出了问题,需要重做。如果FAM阴性,HEX阳性,表明支原体确实阴性。
PCR扩增出了问题主要原因为PCR反应被抑制了,可能需要考虑做DNA抽提。
在qPCR反应中,引物和探针的设计尤为重要,它既需要覆盖大多数支原体,又需要不与细菌和哺乳动物细胞DNA发生交叉反应。当然,Taq酶的性能也很重要,因为DNA的扩增*终依赖于酶的活性和扩增的速度。从这个角度说,一个好的qPCR试剂盒是各个因素共同作用的结果。
原创作者:北京缔一生物科技有限公司