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技术文章
DNA污染监测的一种方法
点击次数:20839 发布时间:2020/11/13 13:52:40
对于高灵敏的PCR技术来说,少量的DNA污染就可导致PCR假像或假阳性。污染的DNA来自于气溶胶中的DNA片段。这些气溶胶中的DNA可源自离心机、移液器和其它实验室设备,或从PCR反应管中飞溅出来。它们很难去除,并可能导致样品之间的交叉污染。在扩增过程中检测到的单个外源DNA分子,就可给整个实验过程和结果诠释带来很多问题。不幸的是,即使是经验丰富的实验室,DNA污染也会偶尔发生,并且只有当PCR检测到时,才会引起注意。
值得指出的是,桌面和实验室工作区,以及分子生物学实验室中的设备(例如离心机,移液器,反应管架等)等不同表面容易暴露于目的DNA和扩增DNA的污染中。在实验前后,通过触摸门把手,纸张,计算机键盘和鼠标,实验室操作员也会无意间携带和扩散DNA污染,而不论他们是如何富有经验或怎样谨慎。此外,某些PCR技术如qPCR两步法或巢式PCR,在将DNA从一个PCR转移到下一个PCR时,也增加了扩增产物污染的风险。
下面笔者提供一种DNA污染监测的一种方法,即采用SwabUp™Lab Monitoring试剂盒,可追踪分子生物学实验室内DNA污染的热点区域,以便有效地消除它们并防止未来再发生。 实验室和工作区域的定期清洁和监控可以帮助及早发现和避免DNA污染。 SwabUp™Lab Monitoring试剂盒包含了用于样品收集、DNA提取和PCR扩增的组件,是一套能胜任环境监测的系统。
SwabUp™Lab Monitoring试剂盒非常容易使用。涂抹拭子装在密封的塑料袋中。涂抹拭子的杆由塑料制成,顶端由植绒尼龙纤维制成,具有出色的吸附性能。拭子杆上有一个模制的断点,方便收集样品后拭子折断并将其插入到含有【收集缓冲液】的Collection Buffer tube中。广泛测试证实这种拭子非常有效。DNA提取系统经过优化,可有效检测极小量的污染DNA。此外,在SwabUp™ Lab Monitoring Plus试剂盒中还包含无污染的即用型PCR系统,以排除交叉污染(因用户自己的PCR试剂和缓冲液污染而导致)。
该方法简单,包括以下一般步骤:(1)使用提供的拭子收集样本,(2)DNA与纯化柱的选择性结合,(3)去除残留的其他污染物和抑制剂,(4)纯化DNA的洗脱,(5)使用冻干的SwabUp™DNAmp Mix进行PCR扩增。
应从容易遭受DNA污染的暴露的表面和/或设备采集样品,如离心机、移液管、反应管架、门把手、实验室书籍、计算机键盘、计算机鼠标、触摸板,台式机以及任何分子实验室的工作区域。
应使用拭子头收集每个样品,并充分擦拭每个不同的10×10厘米的表面。
DNA提取是必要的,可避开抑制PCR的物质,如纤维、组织、灰尘或样本中的高丰度蛋白。因此,在PCR进行前,应先作DNA提取。该流程不需要酚/氯仿试剂,并且DNA提取和PCR体系制备需要的手动操作很少。DNA提取约30分钟内完成,并且建立PCR反应体系只需几分钟,因为PCR预混液是即用型的。
操作流程一览
- 样本收集
- DNA 抽提
- 附录I
- 1. 实验室监测和追踪污染热点区域。
-
为了监督分子生物学实验室清洁程序的效率,实验室和环境监测应每三个月进行一次。
* DNA提取对照非必选,但我们建议设立该对照以验证DNA提取流程。
**内部对照非必选,它能用于验证PCR的扩增。
2. 清除和防止DNA污染的措施
如果在实验室中检测到DNA污染,则应按以下步骤进行:
1)如果在某个区域内检测到DNA污染,而该区域是常规清洁程序的一部分,那么应立即使用含次氯酸钠的表面清洁剂再次进行清洁(对于敏感的表面,应寻求适当的替代品)。
2)对于常规清洁程序,您应进行修改并采取措施以改进。
3)如果在某个区域内检测到DNA污染,而该区域不是常规清洁程序的一部分,那么您应立即将此区域纳入到实验室常规清洁程序中,并通知所有的实验室操作员并进行适当的培训。
4)清洁后重复PCR扩增,直到不再检测到污染为止。
5)确保您实验室中的所有操作员都充分了解这些措施,并进行了相应的培训。
原创作者:北京缔一生物科技有限公司