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技术文章

PCR最低检出限刍议

点击次数:21010 发布时间:2020/11/17 11:13:46

 

现在,PCR试剂盒常用于各种检测。其中*di检出限是PCR试剂盒一个重要的参数。PCR*di检出限就是所能检测到的靶标的*di值。*di检出限的确定应通过定量标准品来完成。定量标准品一般是经过严格标定拷贝数的阳性DNA,梯度稀释后进行一系列的检测,每个梯度做8个复孔,*终确定条带能否观测到或确定Ct值。

 示例. PCR定量标准品(支原体)(Minerva Biolabs

接着可用Reed-Muench公式计算方法的检测限(LOD50),lgLOD50=距离比例×稀释对数质检的差+高于50%检出率的稀释度的对数。距离比例=(高于50%检出率的百分数-50%/(高于50%检出率的百分数-低于50%检出率的百分数)。也可使用Excel软件在回归分析中,自动计算LOD值(Data>Data Analysis>Regression,选中XY值)

PCR检出限相当于方法的灵敏度,它与DNA模板的质量(包括是否有杂质)、整个PCR反应体系的性能优化(包括反应缓冲液、酶的功能、引物序列、引物浓度)、PCR程序条件的设定都有关系。有人采用巢式PCR,的确使得方法的灵敏度更高,但同时也增加了反应的复杂性和反应时间。

总之,PCR具有足够低的检测限,才能保证不会发生漏检。因此,在方法学意义上,检测限应受到足够的重视。

参考文献:

  1. Armbruster, D.A., Pry T. Limit of blank, limit of detection and limit of quantitation. Clin. Biochem. Rev. 29, Suppl 1 (2008).
  2. Ripp, J., Analytical Detection Limit Guidance & Laboratory Guide for Determining Method Detection Limits, Wisconsin Department of Natural Resources, Laboratory Certification Program, 1996. https://books.google.co.in/books?id=7WtjHQAACAAJ.
  3. Shrivastava, A., Gupta, V. Methods for the determination of limit of detection and limit of quantitation of the analytical methods. Chronicles Young Sci. 2, 1 (2011). doi:10.4103/2229-5186.79345.
  4. Desimoni, E., Brunetti, B. About Estimating the Limit of Detection by the Signal to Noise Approach. Pharm. Anal. Acta. 6, 4 (2015). doi:10.4172/2153-2435.1000355.

 

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原创作者:北京缔一生物科技有限公司

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