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技术文章

新冠病毒重要药物靶点-RNA聚合酶精细结构获解析

点击次数:837 发布时间:2020/3/23 10:37:21

近日,“科技大学—清华大学抗新冠病毒联合攻关团队”率先在上成功解析新型冠状病毒“RdRp(RNA依赖的RNA聚合酶)-nsp7-nsp8复合物”近原子分辨率的三维空间结构,揭示了该病毒遗传物质转录复制机器核心“引擎”的结构特征,为开发针对新冠肺炎的药物奠定了重要基础。

3月17日,相关论文成果的预印本以“Structure of RNA-dependent RNA polymerase from 2019-nCoV, a major antiviral drug target”为题在线发表于BioRxiv(一个生物科学的开放式预印本存储库,相关论文未经同行评议)。

新冠肺炎疫情爆发以来,迅速在世界范围内扩散流行,短时间内对世界各国造成了巨大冲击,对全人类产生了空前的影响。因此,针对新型冠状病毒的药物靶点研究以及新药的研发迫在眉睫。

 

新型冠状病毒在入侵细胞后,便开始大量复制;而病毒的RNA依赖的RNA聚合酶(RdRp,也被称为nsp12)在病毒的遗传物质—RNA的合成过程中起着至关重要的作用。以RNA聚合酶为核心,病毒会巧妙地利用其它辅助因子(如nsp7/nsp8等)组装一台高效的RNA合成机器,进行自我复制。RNA聚合酶作为这台复制机器的核心部件,是*重要的抗病du药靶。破坏该核心设备的功能,就能阻止病毒的复制,*终达到治疗的目的。而瑞德西韦恰恰就是一个靶向RNA聚合酶的前药,当药物进入人体,通过代谢后,其*终产物就直接靶向抑制病毒的RNA聚合酶。


瑞德西韦被认为是一个在新冠肺炎的治疗中颇具前景的临床药物。目前,瑞德西韦临床试验已在中国开展,由中ri友好医院、中国医学科学院药物研究所牵头,在武汉金银潭医院等多家抗疫一线医院中进行,计划入组761例患者,结果预计在4月27日公布。但是,由于缺乏新型冠状病毒RNA聚合酶的三维结构信息,瑞德西韦如何精确靶向病毒RNA聚合酶的机制尚不明确,这是当前针对该靶点开展更有效的抗病du药物开发及应用的重要障碍。

饶子和院士研究团队自从2003年SARS冠状病毒爆发以来,就一直致力于冠状病毒关键药靶的研究以及抗病毒新药的研发。在这次新冠肺炎疫情袭来之初,饶子和、杨海涛教授等团队,率先在上解析了shou个新型冠状病毒蛋白(主蛋白酶)与抑制剂复合物的高分辨率三维晶体结构,并在临床试验药物中发现了可以有效抑制新型冠状病毒的抑制剂。在此基础上,由饶子和、娄智勇教授、王权教授等组成“科技大学—清华大学抗新冠病毒联合攻关团队”,率先在上成功解析了新型冠状病毒“RdRp-nsp7-nsp8”复制机器的三维空间结构,整体分辨率达到2.9?。

解析的复合物结构显示,新型冠状病毒的RNA聚合酶具有其它病毒RNA聚合酶的保守特征,并含有套式病毒(nidovirus)的NiRAN特征结构域;同时病毒RNA聚合酶与病毒的辅助非结构因子nsp7/nsp8组成了复制机器。令人兴奋的是,研究人员还shou次在新型冠状病毒的RNA聚合酶的N端发现了一个独特的“β发卡”结构域,这一结构域的发现为阐明新型冠状病毒RNA聚合酶的生物学功能提供了新的线索。研究人员又通过对该原子分辨率结构的深入分析,发现了新型冠状病毒RNA聚合酶行使功能的关键氨基酸残基,并通过与“丙型肝炎病毒聚合酶ns5b-索非布韦效应分子”复合物结构进行比对,提出了瑞德西韦的效应分子(即代谢后的*终产物)抑制新型冠状病毒RNA聚合酶的可能作用模式。

研究人员表示,这项研究shou次精细描绘出了新型冠状病毒“RdRp-nsp7-nsp8”复制机器的内部构造,并为瑞德西韦的效应分子如何精确靶向抑制复制机器的核心元件—病毒RNA聚合酶进而发挥药效活性,提出了合理的机制解释,这为深入研究新型冠状病毒复制的分子机理奠定了重要的理论基础,并为开发抗新冠肺炎的特效药开辟了新途径。

《中国科学报》从科技大学获悉,为了方便科技工作者、特别是药物研发人员分析使用,该研究的分子结构坐标数据已经投递至蛋白质结构数据库(PDB), 编号为 6M71。

原创作者:上海岑特生物科技有限公司

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