有两种考马斯亮蓝：考马斯亮蓝G250和考马斯亮蓝R250。者在结构上比后者多两个甲基。名字中的“G”是绿色的缩写，因为考马斯亮蓝G250的蓝色染料是浅绿色；名字中的“R”是红色的缩写，因为R250的蓝色染料是微红的；

">“250”代表考马斯亮蓝R250的纯度。在生化实验中，考马斯亮蓝R250常用在蛋白质定量和蛋白质电泳中的蛋白质染色。

工作原理是：考马斯亮蓝R250经过蛋白质中氨基和羧基之间的静电结合和范德华力与蛋白质形成强但非共价连接的复合物。蛋白质-染料复合物的形成稳定了染料携带的带负电荷的阴离子（例如磺酸基团），从而在膜或胶上产生肉眼可见的蓝色。

考马斯亮蓝R250多用于电泳蛋白的染色，染色灵敏度相比氨基黑要高出5倍，可达0.1μg蛋白。考马斯亮蓝R250染色后，需要先褪色再观察蛋白条带。

考马斯亮蓝G250 尽然灵敏度较低，也可用作 R250 的替代品，是一种快速简便的蛋白质染色方法。它具有以下特点，即在pH 2.0以下，溶液为无色；pH 7.0 时，溶液呈深蓝黑色；如果酸化，溶液是透明的棕褐色。当 G250 与蛋白质结合时，溶液恢复为蓝色，这主要是由于蛋白质分子周围的 pH 值较中性。在合适的条件下，当凝胶在酸化的 G250 溶液中染色时，它显示出蓝色的蛋白质条带，带有浅琥珀色背景。

此法条带显影快，底色也很浅，条带看起来清晰，不需褪色。G250 对大多数蛋白质的检测下限为 0.5 g。 虽然灵敏度有所降低，但操作快捷方便，与R250 染色相比多可节省 11 小时。