了解菌株水平上的多样性，对于理解肠道菌组成及其对健康和疾病的影响，是非常关键的。 Borenstein的研究团队将人类微生物组作为一个复杂的系统进行研究，开发了分析微生物组数据的复杂计算方法。这种方法可以在多种肠道菌中分析菌株水平上的遗传变异。

同种细菌的不同菌株之间，基因或基因拷贝数会出现很大的差异。这种基因拷贝数变异能显著改变菌株的多种能力，包括耐药性、毒力、从环境摄取生化分子、分解物质获得能量、移动方式等等。这些因素决定着菌株的生活方式，能对人类宿主的健康产生影响。

我们可以直接根据鸟枪法宏基因组数据，在群体中评估指定菌种中给定基因的拷贝数变异，通过计算分析精确定位了每个序列的菌种来源，发现在一百多人的微生物组中，有几十个菌种的五千多个基因存在着显著的拷贝数变化。这样的基因出现在他们所分析的每个菌种中，有些菌种近四分的基因都存在拷贝数变异。

这项研究为人们展示了微生物组的广泛菌株差异，并且鉴定到了一些新菌株。研究显示，这种基因拷贝数变异与细菌的运动能力、物质运输和能量获取有关。菌株水平的多样性体现了微生物对肠道环境变化的快速适应。

研究人员还发现，一些菌株的基因拷贝数变异与肥胖症、炎症性肠病等疾病有关，具有一定的临床意义。“我们希望这项研究能鼓励人们从一个新的角度研究肠道微生物组，将其视为一个高度适应性的复杂系统，帮助人们通过操纵肠道菌的组成和功能来进行疾病管理。

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