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分享测序组装染色体技术

点击次数:173 发布时间:2018/4/26 10:20:27
 “我们设计的这种方法靶向基因组,或者说是基因组保守性,尝试将其进一步融入到进化背景中去,”文章的通讯作者,伊利诺斯大学生物工程系助理教授马健(Jian Ma,音译)解释道,“这样就能分析出其构架,以及密切相关的其它基因组信息。”

通过BGI研究院科学家们的验证分析,这一研究组预测出了藏羚羊可能的染色体片段组装方法,为了完成这一目标,研究组成员利用BGI的SOAPdenovo组装程序构建出了1434个序列支架,然后重建出了60个羚羊的染色体片段,其中16个片段与牛的染色体片段相似。

“在进行程序处理后,基因组质量得到了明显的提高,”马博士解释道,“染色体片段大量减少,连续性延长,并且可以与其他物种进行比较分析了。而且我们之后也能纠正在这一过程中可能出现的组装误差。”

这一研究组面临的主要挑战还在于要找到一种能彻底评估分析结果,以及检测其工具的方法,为此研究人员将RACA分析结果,与模拟基因组组装,以及真实基因组组装进行了比较,其中真实基因组组装数据来自约翰霍普金斯大学完成的2012基因组组装金标准评价(GAGE)。

“我们的数据基本上都来自(GAGE)研究,因为这些数据真实,反映了真正的情况,所以可以检测分析工具,”马博士说,“我们分析了他们研究中采用的各种组装结果,结果我们发现,我们可以改善这些结果。”

马博士表示,现在这项技术可以立即被用于类似Genome 10K之类的项目中,这是2009年发起的一项测定万种脊椎动物基因组图谱的项目,其目的在于研究生物多样性和动物进化的机制。、

“大多数(基因组研究)都在使用NGS技术,因此我们认为这种方法可以用来系统地改善这些新物种基因组质量”,马博士说。

 白介素-17B受体IgG小鼠碱性磷酸酶(ALP)
 白介素-17CIgG小鼠间粘附分子1(ICAM-1/CD54)
 白介素-17DIgG小鼠间粘附分子1(ICAM-1/CD54)
 白介素-17EIgG小鼠甲状腺素(TAb)
 白介素-17FIgG小鼠甲状腺素(T4)
 白介素17受体CIgG小鼠甲状腺球蛋白(TG)
 白介素17受体DIgG小鼠甲状腺过氧化物酶(TPO)
 白介素17受体IgG小鼠甲状旁腺激素相关蛋白(PTHrP)
 白介素1αIgG小鼠甲种胎儿球蛋白/甲胎蛋白(AFP)
 白介素1βIgG小鼠甲基化酶(Methylase)
 白介素1-β转化酶样凋亡蛋白酶6IgG小鼠己糖激酶(HK)
 白介素1-β转化酶样凋亡蛋白酶6IgG小鼠基质衍生因子1β(SDF-1β/CXCL12)
 白介素1受体ⅠIgG小鼠基质衍生因子1a(SDF-1a/CXCL12)
 白介素1受体ⅡIgG小鼠基质金属蛋白酶2/明胶酶A(MMP-2/Gelatinase A)
 白介素-1受体拮抗剂IgG小鼠肌球蛋白(MYS)
 白介素-1受体相关激酶2IgG小鼠肌红蛋白(MYO/MB)
 白介素-1受体相关激酶4IgG小鼠肌钙蛋白T(Tn-T)
 白介素2(人) IgG小鼠肌钙蛋白Ⅰ(Tn-Ⅰ)
 


原创作者:上海谷研实业有限公司

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