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根瘤菌的遗传分群及表型分群

点击次数:152 发布时间:2018/2/28
根瘤菌物种的准确鉴定是进行根瘤菌生物地理学研究的基础。随着新的根瘤菌资源的不断发现和科学技术的发展,根瘤菌的分类方法从以宿主植物为中心的“互接种族”的传统分类逐步发展到研究“系统发育关系”的现代系统分类。Colwell 等(1970)首次提出多相分类的概念来研究微生物多样性,获取微生物表型、遗传型和系统发育等方面的信息,从而更全面地反映微生物的多样性,同时也从多个角度验证分类结果是否可靠。根瘤菌的表型分群主要通过数值分类、细胞脂肪酸组成分析、全细胞可溶性蛋白电泳以及多位点酶电泳等方法。根瘤菌的遗传分群主要通过基因组指纹图谱分析、特定基因序列分析、DNA-DNA 杂交、G+C mol%及多位点序列分析(MLSA)等方法。

70%的 DNA 同源性值曾是确定细菌之间是否为同一种的“黄金标准”。Konstantindis 提出以基因组平均核苷酸一致性(ANI)作为新的细菌种分类标准,多基因序列分析、全基因组序列比较来确定种的分类地位已成为确定根瘤菌基因种的“黄金标准”。虽然全基因组测定方便快速,但还是需要一定的时间分析和注释。Zhang 等采用多基因序列(如 SMc00019-truA-thrA)分析发现,以94%或96%ANI 相似性作为阈值可以很好地区分不同根瘤菌物种,此方法与其他持家基因及全基因组分析结果有很好的一致性。对于1个未知菌株,结合16SrRNA基因序列分析和持家基因ANI比较,就能快速、准确地确定根瘤菌的分类地位。

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