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技术文章
ReadyAMP®PCR直接扩增技术应用在细菌16s rDNA鉴定中的流程
点击次数:14 发布时间:2024/9/11 9:47:47
随着分子学的发展,细菌16S rDNA序列的鉴定逐渐成为细菌特征的“jin标准”。大部分实验室中正逐步使用该方法替代传统细菌培养、生化鉴定等方法。16S rDNA因其序列在物种间的高度多样性,成为细菌分类研究的“分子钟”,素有“细菌化石”之称。
16S rDNA鉴定意义重大,主要体现在以下几个方面:
1、测序结果和已知细菌16S rDNA序列数据库进行比较,可以确定未知细菌的分类和物种关系。对临床微生物和环境微生物意义重大。
2、通过比较不同细菌的16S rDNA序列,可以推测相互之间的亲缘关系和进化关系,进而了解细菌的进化和演化史。
3、通过环境样本中细菌16S rDNA序列比较,可以分析和总结出不同细菌在不同环境下对自然界的功能和作用。
4、菌落中16S rDNA可变区进行鉴定,可提供菌落组成、表达丰度、以及系统进化分析。为菌落与环境、环境与人类的相互作用提供数据支持。
但是常规获得16S rDNA序列的方法如图1。实验室工作人员常用的细菌DNA提取试剂盒,也就是通用的离心柱式提取基因组
图1 传统离心柱提取和ReadyAMP®快速16S rDNA细菌鉴定试剂盒对比
DNA。作为传统且经典方法,该方法对chang期从事提取工作的实验室人员来说存在几个难点:
1、提取时间长达40-90分钟
2、需要使用溶菌酶、蛋白酶K等酶类
3、需要使用多种设备,包括恒温浴、离心机等
4、革兰氏阳性菌产量低
针对以上痛点和难点,我司开发了ReadyAMP®快速16S rDNA细菌鉴定试剂盒,操作流程见图1。该方法zui大的特点如下:
1、简单便捷、一步完成;
2、检测线低至104个/mL细菌;
3、检测样本丰富,例如对数生zhang期菌液、菌斑、甘油菌等;
4、样本需求量低,例如菌液/甘油菌1-3μL、菌斑1个;
5、革兰氏阴性菌100%检出;
6、革兰氏阳性菌99.99%检出;
7、难培养样本有效;
8、珍贵样本有效;
已验证的细菌包括:
案例A——对数生zhang期细菌快速扩增16S rDNA
以对数生zhang期菌液为模板,使用ReadyAMP®快速16S rDNA细菌鉴定试剂盒(货号Nu-16S01)扩增16S rDNA,以菌液对应硅胶柱提取基因组为对照。
案例B——单菌落快速扩增16S rDNA
以对单菌置生理盐水中为模板,使用ReadyAMP®快速16S rDNA细菌鉴定试剂盒(货号Nu-16S01)扩增16S rDNA,以菌液对应硅胶柱提取基因组为对照。
原创作者:上海创凌生物科技有限公司