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鸡粪是有机肥的重要原材料，具有养分含量高、养分全面、肥效快的优点。鸡粪有机肥一般作为蔬菜果树等经济作物的基肥使用，可有效提高农作物品质，改良土壤结构。中国农业大学教授李季估算，目前我国商品有机肥年生产量中鸡粪有机肥约500万吨。
鸡粪未经腐熟直接施入田里的确有一定的风险
粪便中含有大肠杆菌、寄生虫和其它有害病菌，进入土壤容易滋生作物病虫害。腐熟不彻底的鸡粪在田间二次发酵，不仅会产生热量和有害气体，造成作物烧根烧苗，还会消耗土壤中的氧气，导致土壤暂时性缺氧。
此外，鸡粪偏酸性，会加剧土壤酸化，导致作物病害。相较于猪粪、牛粪等畜禽粪便，鸡粪中的抗生素和重金属含量往往较高。
“抗生素主要来源于饲料。由于鸡的养殖密度大，防疫要求高，在畜禽中抗生素使用量相对较大，加之鸡的消化道短，极少数养殖场在饲料中添加的抗生素，更容易通过粪便排出。
鸡粪并非都含抗生素
《高效液相色谱法》中涉及的土霉素、四环素、金霉素与强力霉素属于四环素类抗生素。由于价格低廉、药效好，这类抗生素受到一些养殖场的欢迎。
近年来，随着有机肥使用量的不断增加，极少数规模养殖场排放的畜禽粪便未经处理即作为有机肥使用而造成的抗生素污染受到专家关注。
中国农业生产资料流通协会有机肥分会副秘书长黄晓华表示：“抗生素进入土壤会杀死土壤中的微生物，破坏土壤微生物体系，降低土壤活性。”
全国肥料和土壤调理剂标准化委员会副主任商照聪认为：“抗生素一开始会对土壤中的微生物产生毒杀作用，后来微生物会产生抗药性，容易滋生超级细菌，破坏土壤环境。
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