在免疫组化染色后的镜下观察中，有发现这样的结果，阳性物反应不强，时隐时现，表达不均匀，有时可出现假阴性，这是因为：
1.组织在用甲醛固定的过程中所形成的醛键可封闭抗原的决定簇。甲醛与组织蛋白质类的反应是多样而复杂的，因为它能和多种不同的功能基团结合，在多数情况下在其间形成桥键8。这也是甲醛的一个作用，因为它是一种聚合固定剂，因而能在相邻的蛋白质键间形成桥键的作用。
2. 甲醛在保存进程中会形成羟甲基，也可封闭抗原决定簇。据French和Edsall的研究认为，遇到的甲醇反应，就是加到一个含反应性氢原子的化合物中，形成一个羟甲基化合物。
3.在组织固定过程中，甲醛与蛋白质发生交联，形成醛交联蛋白，这种化合物封闭了抗原，使之无法表达出来。
为了解决上述存在的问题，更好地暴露出抗原，将其很好地显示出来，世界上公认的方法就是必须进行抗原修复。
至今为止，抗原修复有许多种方法，在这些方法中，有的是根据抗体的要求来进行，有的是根据抗原的表达程度来进行，我们则对每种病例每项检测，都要求必须进行抗原修复，以达到抗原全面表达的状态。