现实情况是，大多的种植户原基是自然形成的，不知不觉中发现厢面上或地膜下面发生了原基或小菇，并不涉及催菇这一步，当然也有密密麻麻的原基现象，当养菌阶段结束，菌丝营养储备完成，温度和水分合适的情况下，自然扭结形成了原基（注意前面有营养储备、温度和水分三个重要的前提），这中自然出菇现象与近年来商业推广的易出菇羊肚菌品种的逐步驯化有关。如果此时地膜还没来得及撤掉，将面临一个非常难处理的步骤，就是此时的地膜该如何处理，地膜下面的原基犹如温室里的花朵，受到任何的风吹扰动，均容易死亡，这也是很多种植户发现的地膜一揭，原基就死的现象。如遇到地膜下面有少量原基，直接撤地膜，继续催菇操作，等于现有的少量原基不要，为的是下一批更好更多的原基出来；如遇地膜下面大量原基形成，可将外源营养袋间隔摞起，将地膜支撑起一个高度，地膜两边适当压一下，这样空气可以进入地膜下面，又不至于厢面的水分丧失太厉害，也有足够高的空间确保菇子可以正常生长，待菇子长至三四厘米以上，再在地膜上面依次增大划口，过渡到地膜全部撤掉。这样的操作在小面积是可行的，不具备商业价值。

催菇，是通过人为操作刺激，刺激菌丝从营养生长转向生殖生长的过程。催菇的判断有两个主要条件，内在的生理成熟和外在的环境适宜出菇之后菇子能正常生长，这些内在和外在的因素实际都是菌丝可感知的。因此，首先是内在的生理成熟，及营养储备完成，有足够的营养可以供给后续出菇。这个目前没有科学的数据衡量，通常以菌霜颜色开始轻微从白色变黄为准。其次是地温，菌丝发育及原基形成之前主要考察的温度为土壤温度，不同品种的原基发育温度需求有别，以六妹羊肚菌13号为例，当土壤温度（地表5cm）温达到8℃以上，持续7-10天，即可出菇。因此，催菇时间应在该时间点往前推15-20天。土壤温度与当地整体气温匹配，可通过调研往年的平均气温确定。