PLEX-ID的工作原理是，每种病原微生物都有可以与其它种间或种内病原亚型得以区分的基因组序列，这样的序列被称之为病原微生物特异性序列；如果能将这些病原微生物的特异性序列识别，即可判断样本中有什么病原。PLEX-ID就针对病原体微生物的高可变区两端的保守序列设计特异性的扩增引物，且在同物种的多个靶序列设计引物以确保检测结果的准确性；并采用多重PCR对目标序列进行扩增，减少了样本的用量，其扩增条件也经过了优化，保证了实验的稳定性。通过扩增获得这些序列产物后，即可用质谱法检测这些产物并对其进行区分。PLEX-ID使用的质谱为电喷雾电离质谱，相对基质辅助激光解吸附电离法（Matrix-Assisted Laser Desorption/ Ionization，MALDI），电喷雾电离法是种相对温和的电离方法，可将进入其飞行器的核酸分子双链分开为单链，在毛细管的出口处会发生喷雾，雾化成细小的带有电荷的雾滴，避免了核酸在离子化的过程中打成碎片，因此更适用于核酸的质谱分析。由于分子量小的核酸片断荷质比高而飞得快，反之分子量大的核酸片断荷质比低而飞得慢，根据到达终点的时间差别而将不同核酸片段大小的特异性片段区分开来，每条核酸片段由于组成的碱基序列有所差别而使得飞行速度产生差别，据此将飞行速度兑换为核酸的重量，再将不同的核酸重量对应出不同的核酸组成，通过比对PLEX-ID巨大的数据库，继而对应出相应的核酸序列做为判别病原体微生物的种属。

PLEX-ID的优势在于：⑴无需对样本进行培养，即可对样本中已知、未知或新出现的微生物进行检测和分析；⑵能把样本中的基因组片段进行扩增，并对扩增产物的碱基组成进行分析，独有的分析软件可把检测到的碱基组成于数据库中的信息进行比对，达到识别微生物的目的；⑶数据库中含有75万条微生物基因组扩增片段碱基组成信息，并持续更新，从而把扩增产物与特定微生物进行关联；⑷24小时内能处理分析多达250个样本；⑸从样本制备到微生物鉴定不到8小时；⑹提供了个微生物检测平台，通过使用不同的配套试剂盒，可检测细菌、病毒、菌和原生动物，并鉴定微生物的基因型，检测毒性标记和抗药性基因；⑺能识别单样本中的混合微生物。

目，PLEX-ID已经进入中市场，华山医院和复旦大学医学院已率先利用该产品进行了结核分枝杆菌耐药基因检测的研究，文章于2011年发表在《临床微生物杂志》（Journal of Clinical Microbiology）。此外，雅培公司也已经与些研究单位开展了合作测试，以下举两个案例，可以从中看到其强大的功能。

PLEX-ID系统相比实验室常规方法更加灵敏，且无需预先知道所要检测的目标微生物。有10份送检到雅培的全血基因组DNA样本，研究者希望检测其中是否存在巴尔通体感染。巴尔通体是种立克次氏体，可以导致巴尔通体病，临床症状为Oroya热和秘鲁疣。该实验室用常规方法进行检测，10份样本的结果均呈阴性，但仍心存质疑，借助PLEX-ID高灵敏度的测试和强大的数据库检验，10份样本都感染有种或几种的不同类型的巴尔通体，其中份样本还感染了巴贝斯原虫，为准确及时地诊断提供了有力的依据。

PLEX-ID能检测混合样本中的低丰度菌，且数据库存在超过75万条的微生物序列信息并持续更新。另份到雅培公司送检的病人样本，该病人带有布鲁氏菌感染的症状，且血清学结果提示布鲁氏菌抗体呈阳性反应，但常规方法只检测到纤维单胞菌这种病原体，使用蛋白质谱的方法也不能检测到布鲁氏菌的蛋白。该实验室想确认样本中到底是否含有布鲁氏菌，采用PLEX-ID的广谱细菌试剂盒以及Biothreat试剂盒分别进行检测，结果都检测到了布鲁氏菌的存在，但其含量仅为优势菌纤维单胞菌的1/20左右。

PLEX-ID除了推出广谱的细菌，菌，病毒等等冰原微生物检测试剂外，还有针对流感，耐药性，食品相关等等项检测试剂，在各种疫情，传染病，药品，食品问题被高度关注的天，我们将陆续关注，持续报道它在更多地域中显示出的能力和作用。