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细胞凋亡(Apoptosis)的检测方法有形态学、生物化学、DNA片段化检测方法以及TUNEL等标记片段化DNA方法，但从细胞凋亡概念产生的历史及准确性方面考虑，使用显微镜进行的形态学观察也是很重要的。细胞死亡的检测可以通过荧光色素染色区分活细胞、死细胞，测定细胞代谢活性和形态学观察。这些方法都是利用细胞凋亡这种情况进行测定的，因而不定反映实际情况。MTT法是测定线粒体中特有酶的活性，反映细胞数目的变化，其结果与细胞死亡的数目未必完全致。

吖啶橙(Acridine Orange, AO)属于三环杂芳香燃料，可以标记DNA、RNA,属于异染性荧光染料，AO常用于细胞内DNA和RNA进行检测。AO与核酸结合方式主要有：1、插入性结合，AO嵌入核酸双链的碱基对之间，这种结合方式主要为AO与DNA的结合，其荧光发射峰为530nm，激发后呈绿色荧光；2、静电吸引，带正电荷的AO与单链核酸的磷酸根(带负电荷)产生静电间的吸引结合，这种结合方式主要为AO与RNA的结合，其荧光发射峰为640nm，激发后呈红色荧光，少量结合会呈桔黄色或桔红色荧光。因此，吖啶橙嵌合到双链DNA分子中显绿色，与DNA单链或RNA结合时发橙红色荧光。

溴化乙锭(Ethidium Bromide,EB)嵌合到双链DNA或RNA的碱基对中，无碱基特异性，发红色荧光。吖啶橙可透过活细胞膜，EB不能通过与活细胞膜具有相同通透性的细胞膜。