微生态肠道模拟发酵系统概念不仅仅是用来模拟人消化过程中的大肠发酵过程，还可以放大、用于实际发酵生产过程。当用于固体发酵的生物反应器（搅拌、转鼓、流化、半连续搅拌）很难促进颗粒的分散。稳定性、生产效率以及传质传热也都存在难以解决的问题。尤其是很难避免供氧受限，新型仿生结肠生物反应器能有效地改善这个问题。微生态肠道模拟发酵系统是一种利用罐壁蠕动实现混合的新型反应装置，这种类型的混合系统与传统生物反应器中的搅拌非常不同。在外力的作用下形成一种类似于结肠内发生的向心性肌肉收缩式样的运动。在实验室和工业上都表现出一定的优点。

微生态肠道模拟发酵系统，仿生蠕动式混合调节，有助于防止反应底物的过度团聚、压降过高以及在床层内出现裂缝和沟壑；避免随着反应的进行，床层内水活度过低而抑制生长；微生态肠道模拟发酵系统，对于产酶的微生物发酵，容易形成更低的还原糖和更高的可溶性蛋白、酶活水平，尤其是对于含有少量水层（湿度约70%）的固态样品；同时能节省清洗和灭菌相关的时间和费用，并且适用于一些特殊反应基质（比如高粘度和腐蚀传统不锈钢反应器的基质）。

微生态肠道模拟发酵系统可用于肠道微生态、肠道与微生物相互作用，同时也可用于新药、益生菌和功能食品等的开发。