碘化丙啶染色(PI stain)可以对细胞周期与细胞凋亡进行分析。碘化丙啶 (Propidium Iodide, PI)是一种可以嵌合到双链DNA和RNA的碱基对中并与之结合的荧光染料，无碱基特异性。碘化丙啶与双链DNA结合后可以产生荧光，并且荧光强度和双链DNA的含量成正比。细胞内的DNA被Propidium Iodide染色后，可以用流式细胞仪对细胞进行DNA含量测定，然后根据DNA含量的分布情况，可以进行细胞周期和细胞凋亡的分析。碘化丙啶染色后，假设G0/G1期细胞的荧光强度为1，那么含有双份基因组DNA的G2/M期细胞的荧光强度的理论值为2，正在进行DNA复制的S期细胞的荧光强度为1～2之间。凋亡细胞由于细胞核发生浓缩以及发生DNA的片段化(DNA fragmentation)导致部分基因组
     DNA的片断在染色过程中丢失，因此凋亡细胞碘化丙啶染色后呈现明显的弱染，即荧光强度小于1，在流式检测的荧光图上出现所谓的sub-G1峰，即凋亡细胞峰。细胞凋亡时，流式细胞检测可呈现亚二倍体核型的特征，根据光散射的特点，PI染色可以区分细胞凋亡和细胞坏死的细胞峰型。细胞凋亡时，出现凋亡细胞皱缩、染色质浓缩、核碎裂，产生凋亡小体，使细胞的向光散射低于正常。在细胞凋亡的早期，细胞对向角光散射的能力显著降低，对侧向光散射的能力增加或没有变化。在细胞凋亡的晚期，向和侧向光散射的信号均降低。细胞坏死时细胞多表现为细胞肿胀，因此向光散射高于正常，对侧向光散射高于正常。
    碘化丙啶PI染色液(50μg/ml)主要由PI、破膜剂等组成，经常用于培养的贴壁或悬浮细胞的细胞周期与细胞凋亡检测，亦可用于区分细胞凋亡和细胞坏死。PI染色液工作浓度为20～50μg/ml，不含RNase，推荐用于RNA染色，细胞检测含量范围一般为0.1～1×106之间。