阿利新蓝又称爱先蓝或阿尔辛蓝等，是一种大分子共轭染料，类铜钛花青染料，初用于纺织纤维染色。这种阳离子染料与酸性基团结合，也即阿利新蓝与组织内含有的阴离子基团如羧基和硫酸根形成不溶性复合物。组织学染色时推荐使用阿利新蓝 8GX 和 8GS。阿利新蓝使碳水化合物着色的确切机制不明，普遍认为是阳离子的异硫脲基通过静电与组织内的多聚阴离子相连。阿利新蓝不能沉淀糖原。硫酸软骨素、硫酸皮肤素、硫酸乙酰肝素和透明质酸的硫酸根或羧基在 pH 值为 2.5 时电离，因此带有一个负电荷。这导致结缔组织和软骨中的蛋白多糖/透明质酸以及上皮酸性黏蛋白(如大肠的唾液黏蛋白和硫黏蛋白)与阿利新蓝在 pH 值为 2.5 时发生反应。中性黏蛋白(如胃黏膜和 Brunner 腺体部位的中性黏蛋白)不能与阿利新蓝反应。
      透明质酸染色液采用透明质酸酶联合阿利新蓝染色，其原理在于透明质酸酶可以裂解透明质酸和硫酸软骨素的糖苷键。在阿利新蓝染色用透明质酸酶做标本预处理，与未处理的切片相比，若处理过的切片不着色，则表明组织中存在透明质酸和硫酸软骨素；若预处理没有产生影响，则说明组织中不含透明质酸和硫酸软骨素。