现代高效液相色谱中，分离效果好坏很大程度上取决于色谱填料的选择中。但是色谱填料的选择范围很宽，要做合适的选择，必须对此有一定的认识和了解。
1、聚合物填料
聚合物调料多为聚苯乙烯-二乙烯基苯或聚甲基丙酸至等，其主要优点是在PG值为1-14均可使用。
相对与硅胶基质的C18填料，这类填料具有更强的淑水性；大孔的聚合物填料对蛋白质等样品的分离非常有效。
现在的聚合物填料的缺点是相对硅胶基质填料，色谱柱柱效教低。
2、其他无机填料
其它HPLC的无机填料色谱柱也已经商品化。由于其特殊的性质，一般仅限于特殊的用途。如墨化碳也用于正逐渐成为反相色谱填料。这种填料的分离不同与硅胶基质烷基键合相，石墨化碳的表面即是保留的基础，不再需其它的表面改性，该柱填料一般比烷基键合硅胶或多孔聚合物填料的保留能力更强，石墨化碳可用于分离某些几何导构体，又由于HPLC流动相中不会被溶解，这类柱可在任何PH与温度下使用。氧化铝也可用于HPLC，氧化铝微粒刚性强，可制成稳定的色谱柱柱床，其优点是可在PH高达12的流动相中使用。但由于氧化铝与碱性化合物作用也很强，应用范围受到一定的限制，所以未能广泛应用，新型氧化诰填料也可用于 HPLC，商品化的仅有聚合物涂层的多孔氧化诰微球色谱柱，应用PH范围1~14，温度可达到1000C。由于氧化诰填料几年才开始研究，加之前的实验难度，其重要用途与优势尚在进行中。
3、怎样选择填料粒度
目前，商品化的色谱料粒度从1um到超过30um均有销售，而目前分析分离主要用3,5和10um填料，填料的粒度主要影响填充柱的两个参数，即柱效和背压。粒度越小，填充柱的柱效越高；小于3um的填料应用，在相同选择性条件下，提高柱效可提高分离度，但不是的因素。如果固定相选择是真确，但是分离度不够，那么选择更小粒度的填料是很用有的，3um填料填充柱的柱数比相同条件下的5UM填料的柱效提高近30%；然而；3um的色相谱的背压却是5um的2倍。与此同时，柱效提高意味着在相同条件下可以选择更短的色谱柱，以缩短分析时间，另外，可以采用低粘度的溶剂做流动相或增加色谱柱的使用温度，比如用乙腈代替甲醇，以降低色谱柱的压力。