1、开机程序
1.1 打开电脑，进入桌面。
1.2 打开icycler PCR仪器的电源开关（注：该仪器有两个电源开关，一个控制PCR仪，一个控制光源系统）。
1.3 双击桌面上的软件图标，点击“yes”,进入软件的主菜单。
2、关机程序
2.1 保存数据，退出软件的主菜单。
2.2 关掉电脑，关闭icycler PCR仪器的电源开关。
二、程序文件的设置及打开
1、 实验程序已预先设定
1.1 点击软件左方主目录中的“Library”，进入该界面后。
1.2 选择“View Protocol”页面，根据路径，找到预存的程序文件。
2、 创建新的程序文件
2.1 点击软件左方主目录中的“Workshop”，进入该界面。
2.2 选择“Edit Protocol”页面，输入相应的温度、时间、重复的循环数（Repeats），增加或删除步骤（Cycle和Step），在“Select data collection step（s）”中选择需要进行荧光收集的步骤。
2.3 完成后，在“Protocol Filename”中输入程序的文件名，点击“Save this protocol”。

 三、仪器操作程序

1、编辑样本
1.1 将装有反应液的PCR反应管放入PCR仪，记录样本摆放顺序。
1.2 点击进入软件左方主目录的“Workshop”界面，选择“Edit Plate Setup”页面。
1.3点击“Samples：Whole Plate loading”，根据样本摆放的顺序和样本属性，选择相应的图标（Unknown和Standard），在plate上相应位置作标识，是标准品（Standard）的，在屏幕右下方的“Standard Quantity”中输入相应浓度。
1.4点击“Select ａnd load fluorophores”，在“1. or deｓelect a fluorophore”中选择荧光标记，在“2.Assign a color”中选择该标记相对应的颜色，然后在plate上对 1.3所选择的孔位进行荧光标记。
1.5 完成后，在“Plate Setup Filename：”中输入样本文件的文件名，点击“Save this plate setup”。