1. 实验类型

ELISA试剂盒有多种类型，不过它们都有一个共同特点，就是进行抗原捕获。一般捕获形式包括将抗原吸附到微孔板或者用微孔板上的抗体进行捕获。In-cell ELISA和酶联免疫斑点ELISPOT是两种特殊的类型，In-cell ELISA需要将微孔板中培养的细胞进行固定和通透化，然后再用抗体原位检测。ELISPOT有点像蛋白印迹Western blot，先在带膜的微孔板中培养细胞，然后在膜上检测细胞分泌的抗原形成斑点。此外，我们还需要根据自身需要选择96孔板或是384孔板进行ELISA实验。

2. 抗体类型

单克隆抗体和多克隆抗体都能够用于ELISA，实际上有时候二者结合效果更好。例如，对于双抗夹心法而言，用多抗进行捕获而单抗进行检测有时更有帮助。多抗能够确保捕获所有抗原，随后单抗再特异性检测拥有特定抗原表位的抗原。
双抗夹心法ELISA中捕获抗体与检测抗体（不论多抗还是单抗）的配对很有讲究。我们不希望捕获抗体与检测抗体竞争抗原上的同一位点，为此我们就需要确保捕获抗体和检测抗体所识别的抗原表位不存在重叠。如果捕获抗体和检测抗体之间发生了冲突，就会对实验结果产生较大影响。要避免这一问题，我们可以选择购买“matched pair”的捕获/检测抗体对，这些打包在一起的抗体是商家经过验证才推荐的好组合

3. 交叉反应
如果抗体间发生冲突或交叉反应就会影响整个实验的特异性。其中抗体来源所带来的兼容性就是交叉反应的一个因素。尽管现在购买源自指定动物的抗体越来越容易，我们仍有必要确认一下是否会产生交叉反应的问题。在用双抗夹心法进行ELISA检测时，检测用的二抗必须特异性针对检测一抗，而不能与捕获抗体起反应。如果检测用二抗与捕获抗体结合，实验特异性就会大打折扣。通常我们选用源自不同宿主的捕获抗体和检测一抗，来避免上述问题。

4. 检测方式

如今检测ELISA有许多途径，我们可以根据自己的偏好进行选择。一般ELISA检测的是酶促反应的可溶性产物，抗体上结合有相应的酶（例如通常使用的辣根过氧化物酶HRP），而反应体系中添加有相应的底物（如3，3-二氨基联苯胺DAB）。这种酶促反应生成具有特征性的颜色，可以通过分光光度计进行检测，碱性磷酸酶AP也是一种常用酶。酶可以结合在一抗上，也可以结合在二抗上，还可以使用链霉亲和素标记的酶与亲和素标记的一抗结合。此外ELISA的结果检测还包括放射性检测、荧光检测、化学发光或显色法检测等。