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利用qPCR也可进行高效的基因表达谱分析!

点击次数:494 发布时间:2012/10/11

一提起基因表达谱分析,大家马上会想到芯片。然而,并不是每个实验室都具备这个条件。现在,利用每个实验室都有的定量PCR仪,也能开展可靠的基因表达谱分析啦。

QIAGEN推出的RT2 Profiler PCR Array是一种高度可靠且灵敏的基因表达谱分析技术,它利用实时定量PCR分析信号转导、生物过程或疾病研究通路中聚焦的一组基因。

目录上的每个RT2 Profiler PCR Array都包含一列通路聚焦的基因以及5个看家(参考)基因。此外,每个阵列还包含一组的对照,以监控基因组DNA污染(GDC)以及链合成(RTC)和实时定量PCR的效率(PPC)。

为什么要使用RT2 Profiler PCR Array?

- 简约:RT2 Profiler PCR Array的简约让常规的表达谱分析可在任何科研实验室的实时定量PCR仪上实现。

- 性能:RT2 Profiler PCR Array具有灵敏度、重复性、特异性和可靠性,可准确地以96和384孔板、100孔盘管和96x96芯片形式同时分析多个基因。

- 关联:RT2 Profiler PCR Array着重分析对您的研究很重要的通路或疾病状态相关的基因。


图1. RT2 Profiler PCR Array中的每孔测定了与通路或疾病状态相关的基因的表达。


图2. Common Cytokine RT2 Profiler PCR Array鉴定出PBMC刺激后23个上调的基因和6个下调的基因。

RT2 Profiler PCR Array系统如何工作

RT2 Profiler PCR Array是一个完整的系统,适用于通路聚焦的基因表达分析。从样品制备到数据分析,RT2 Profiler PCR Array系统包含了四个组分,可保证高质量、重复可靠的基因表达数据。

作为RT2 Profiler PCR Array系统性能中不可缺少的一部分,一组的对照元素可增强数据的可靠性,且随着时间的推移,可充当性能的保证。这些元素让研究人员能够确定样品是否被基因组DNA(gDNA)所污染,逆转录反应的质量和实时定量PCR的效率,从而快速评估数据的质量。RT2 Profiler PCR Array系统中的每个组分都融入了一个联锁系统(interlocked system),有助于这些质量对照元素,以便全面监控过程中的每一步。

1. RT2 Profiler PCR Array

每个通路聚焦的RT2 Profiler PCR Array都包含89个实验室验证过的RT2 qPCR Primer Assay(包括5个看家基因)和1个的对照板。

2. RT2 SYBR Green qPCR Mastermixes

随引物设计算法而演化的缓冲液独特配方带来了高的扩增效率。目前有参考染料可供选择(ROX、荧光素或不含)。

3. RT2 First Strand Kit

RT2 Profiler PCR Array所检测的外部RNA对照检验了起始RNA的质量。它还特有一款的基因组DNA去除缓冲液,这对去除残留gDNA、确保mRNA的特异检测很关键。

4. 免费的数据分析软件

RT2 Profiler PCR Array 在大的检测范围内评估一组通路聚焦的基因表达的能力产生了大量的数据。有了我们免费的RT2 Profiler PCR Array数据分析工具,原始CT值到倍数变化的结果都能在几分钟内以各种形式(散点图、火山图、聚类图)表现。

除了目录上的RT2 Profiler PCR Array,您也可以根据您的研究定制RT2 Profiler PCR Array。

什么是定制的RT2 Profiler PCR Array?

定制的RT2 Profiler PCR Array采用一种高通量的方法对您感兴趣的基因进行表达谱分析。您可以选择人、小鼠、大鼠、恒河猴、果蝇或狗基因组中的任何基因(*多384个不同基因)。无论您的兴趣是生物标志物发现、芯片后续研究、药物开发、疾病鉴定,还是信号转导通路,定制的RT2 Profiler PCR Array都能实现您感兴趣基因的聚焦表达分析。

为什么要定制RT2 Profiler PCR Array?

• 性能:定制的RT2 Profiler PCR Array中的每个分析都是利用一套严格的参数设计的,并经过实验室验证,以确保您样品中宽动态范围内的基因都能重复识别和定量。

• 灵活性:定制的RT2 Profiler PCR Array有多种易于使用的形式可供选择,便于快速上样和数据分析。

• 周转时间:提交您的定制基因列表,大约2周内就能收到定制的RT2 Profiler PCR Array。

RT2 Profiler PCR Array为开展通路聚焦基因表达分析的数千名科学家所信赖并使用。一些因素,包括RT2 qPCR Primer Assay的设计算法、的对照板以及严格的生产和质量控制程序,都确保了RT2 Profiler PCR Array的出色性能和可靠性。每个RT2 Profiler PCR Array和每个RT2 qPCR Primer Assay都经过实验室验证,以保证它们的性能,此处显示的结果证明了一些性能参数。

高灵敏度和宽动态范围

利用通路聚焦的RT2 Profiler PCR Array开展基因表达分析的一个关键优势在于,过表达的基因也能像表达不足的基因一样可靠地测定。利用25 ng – 5 μg RNA,完整的RT2 Profiler PCR Array产生了85%以上的阳性检出,而利用1 ng PreAMP RNA和RT2 PreAmp System,阳性检出更高于90%。在比较一组通路聚焦的基因在多个样品中的不同表达水平时,实时定量PCR所提供的8个对数动态范围是前所未有的。

明确的特异性

完整的RT2 Profiler PCR Array系统及高质量的起始RNA,都确保产生单一条带,而没有引物二聚体或其他副产物。的引物设计算法融合了10多条热力学和序列比对标准,而我们的实验室验证更是带来了自信,说明每个实时定量qPCR分析都能准确描绘质询基因的表达。超过20,000个基因特异的RT2 qPCR Primer Assay已设计好,并发送给满意的客户。

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