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SNP分析
技术描述:单核苷酸多态性(SNP)是指有单个核苷酸替代、插入或缺失而形成的分子形态。SNP是人类基因组中数量*多的一种多态形式,人类基因组中总共有300万个SNP,平均每1000个碱基中就有一个SNP,是继微卫星之后的第三代遗传标记。对它的研究将帮助我们在疾病相关基因定位,认识人种、人群、个体间的遗传差异,研究基因组结构,研究疾病或耐药性与个体差异的关系等领域进行深入的了解。
服务内容;我们根据客户的具体情况,提供不同的方法检测SNP,如测序法、HRM法、探针法、质谱法等,经济、地达到客户的实验目的。
完成时间:根据实际工作量而定。
实验方法:
PCR- 测序法:
*经典的方法,通过PCR扩增包含SNP位点的片段,测序获得SNP位点信息,适于调查未知SNP位点和连续分布(1kb以内)的SNP位点信息。
PCR- 限制性酶切;
如果某个SNP位点恰好是限制性酶切位点,则通过PCR酶切再结合电泳分析不失为一种简单经济的区分方法,适于单个的SNP位点分析。
连接酶检测反应 (LDR) 分型方法:
连接酶只能连接与模板互补的两个片段,利用连接酶这一特性,通过对需检测SNP位点上下游设计特异性标记探针,在连接酶的作用下,当特异性的寡核苷酸探针与互补靶序列DNA配对时连接反应得以顺利进行,若寡核苷酸探针与其不配对,则连接反应不能进行。通过测序仪检测标记的寡核苷酸探针,得到分型结果,是一种简单的分型方法,适于样本量和位点数目都不大的SNP分析。
Taqman 探针法;
利用TAQMAN探针的荧光显色原理,分别设计不同荧光标记的Taqman探针覆盖相应SNP位点,匹配的探针得到荧光信号检测相应的SNP基因型。灵敏度高,适合少数位点多样品的SNP扫描。
HRM:
用荧光定量PCR中的染料法做出的高分辨率溶解曲线,区分只有单一碱基不同的PCR扩增片段,只能在温控均一度在±0.1℃的仪器中使用。成本低,适合少数位点多样品的SNP扫描。
质谱法:
质谱是带电原子、分子或分子碎片按分子量(质荷比)的大小顺序排列的图谱。质谱仪可通过对物质的分子量(质荷比)进行检测,达到区分、鉴别物质的目的。SNP位点两个等位基因之间存在分子量差异,通过分型实验将差异放大,然后以质谱仪进行检测即可达到SNP分型的目的。适合大样本量、多位点的扫描。
需要客户方提供:
客户方提供样品的种属、类型、数量、需要检测的基因位点等详细信息。
*终服务方提供:原始电泳图谱、仪器相关文件等原始数据和初步的分析结果。
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