因井水硬度比较高，含有较高的钙、镁离子等，而且还含有2价Fe离子，会被空气中的氧气氧化成3价Fe离子，水解成Fe（OH）3，红棕色絮状沉淀，而钙、镁离子等容易和空气中的CO2反应成不溶于水的碳酸盐。所以对井水进行处理时必须有软化处理，采用离子交换法是比较经济的，因为离子树脂在失效后可经过再生处理继续使用。若井水中含有异味，则表示该井水中含有有毒物质，不能直接进行饮用,必须经过处理之后才能饮用,而除去水中含有的铁离子则需经过曝气处理，使用曝气装置、除铁滤池等工艺，经过沉淀、过滤后成为合格的饮用水。 井水中含有许多细菌、微生物等对人体有害的物质，而去除它们的方法有许多种，例如使用、臭氧、紫外线、加热、溴和碘、金属离子等消毒、杀菌。才有消毒的优点是费用低、能长时间保持剩余游离氯，有持续的杀菌消毒效果，而对某些袍子和病毒无效；氧化物有异臭、异味、如三卤代甲烷等甚至有毒；采用臭氧消毒能消灭病毒和袍子，还能加速地去除色、味、臭，氧化物无毒，费用较大，消毒作用短暂，无法保持消毒的剩余量；使用紫外线消毒的费用大、但是不需要化学药剂，消毒快，对去除浊度的预处理要求高；加热消毒方法不需要特殊设备，但是消毒作用缓慢，费用大，只适合一般家庭用水；采用溴和碘消毒能长时间保持消毒效果，对眼的刺激性较小，消毒时间比氯微长，费用略高，游泳池有时会使用；而使用金属离子消毒具有持久性灭菌的效果，但作用缓慢，费用高，易受胺等污染物的影响。