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蛋白质组技术的研究进展
点击次数:661 发布时间:2013/5/27 11:36:03
大规模基因组测序计划的实施已改变生命科学的重心,在相当短的时期内,一些原核生物和某些低等真核生物的基因组序列已被测定。1995年,流感嗜血杆菌基因组序列首次被破译,在此后不到两年的时间,近50个细菌的基因组序列已被完成。然而,这仅仅是理解有机物功能的一个起点。在基因组时代,许多DNA序列信息仅提供相关基因组的结构和功能。然而,对基因产物(mRNA和蛋白质)的理解是理解细胞生物学的一个不可缺少的部分。DNA序列信息不能预测:1)基因表达产物是否或何时被翻译;2)基因产物的相应含量;3)翻译后修饰的程度;4)基因剔除或过表达的影响;5)遗留的小基因或<300 bp的ORFs的出现;6)多基因现象的表型。此外,mRNA水平的测量并不能完全揭示细胞调节;且蛋白质的样品较mRNA 稳定;蛋白质和mRNA之间的相关系数仅为0.4~0.5,还存在转录后加工、翻译调节以及翻译后加工等。故而,“基因组时代”的迅猛发展同时激起了人们对“后基因组时代”中蛋白质组研究的需求。
1 蛋白质组的含义
蛋白质组(Proteome)的概念*先由Marc Wilkins提出,指由一个基因组(genOME),或一个细胞、组织表达的所有蛋白质(PROTein)。蛋白质组的概念与基因组的概念有许多差别,它随着组织、甚至环境状态的不同而改变。在转录时,一个基因可以多种mRNA形式剪接,并且,同一蛋白可能以许多形式进行翻译后的修饰。故一个蛋白质组不是一个基因组的直接产物,蛋白质组中蛋白质的数目有时可以超过基因组的数目。
蛋白质组学(Proteomics)处于早期“发育”状态,这个领域的专家否认它是单纯的方法学,就像基因组学一样,不是一个封闭的、概念化的稳定的知识体系,而是一个领域。蛋白质组学集中于动态描述基因调节,对基因表达的蛋白质水平进行定量的测定,鉴定疾病、药物对生命过程的影响,以及解释基因表达调控的机制。作为一门科学,蛋白质组研究并非从零开始,它是已有20年历史的蛋白质(多肽)谱和基因产物图谱技术的一种延伸。多肽图谱依靠双向电泳(Two-dimensional gel electrophoresis,2-DE)和进一步的图象分析;而基因产物图谱依靠多种分离后的分析,如质谱技术、氨基酸组分分析等。
2 蛋白质组研究的核心用于分离的双向电泳(2-DE)
蛋白质组研究的发展以双向电泳技术作为核心。双向电泳由O’Farrell’s于1975年首次建立并成功地分离约1 000个E。coli 蛋白,并表明蛋白质谱不是稳定的,而是随环境而变化。双向电泳原理简明,向进行等电聚焦,蛋白质沿pH梯度分离,至各自的等电点;随后,再沿垂直的方向进行分子量的分离。目前,随着技术的飞速发展,已能分离出10 000个斑点(spot。当双向电泳斑点的全面分析成为现实的时候,蛋白质组的分析变得可行。
样品制备(sample prepareation)和溶解同样事关2-DE的成效,目标是尽可能扩大其溶解度和解聚,以提高分辨率。用化学法和机械裂解法破碎以尽可能溶解和解聚蛋白,两者联合有协同作用。对IEF(isoelectric focusing)样品的预处理涉及溶解、变性和还原来完全破坏蛋白间的相互作用,并除去如核酸等非蛋白物质。理想的状态是人们应一步完成蛋白的完全处理。近来,在“变性剂鸡尾酒”中,含14~16个碳的磺基甘氨酸三甲内盐(ASB14~16 )的裂解液效果。而离液剂2 mol/L硫脲和表面活性剂4%CHAPS的混合液促使疏水蛋白从IPG(immobilized pH gradients)胶上的转换。三丁基膦(Tributyl phosphine,TBP )取代β-巯基乙醇或DTT完全溶解链间或链内的二硫键,增强了蛋白的溶解度,并导致转至第二向的增加。两者通过不同的方法来增加蛋白的溶解度,作为互补试剂会更有效。在保持样品的完整性的前提下,可利用超离和核酸内切酶去除核酸(DNA)。除此之外,机械力被用来对蛋白分子解聚,如超声破碎等。另外,添加PMSF等蛋白酶抑制剂,可保持蛋白完整性。由于商品化的IPG胶条是干燥脱水的,可在其水化的过程中加样,覆盖整个IPG胶,避免在样品杯中的沉淀所致的样品丢失。此外,低丰度蛋白(low abundance protein)在细胞内可能具有重要的调节功能,代表蛋白质组研究的“冰山之尖”,故分离低丰度蛋白是一种挑战。亚细胞分级和蛋白质预分级、提高加样量(已达到1~15 mg级的标准、应用敏感性检测,可以提高其敏感性。如一种多肽免疫2-DE印迹(MI-2DE)是利用几种单克隆抗体技术来分析和检测。提高组蛋白和核糖体蛋白等碱性蛋白(basic proteins)的分离是另一难点。由于碱性pH范围内凝胶基质的不稳定及逆向电渗流(EOF)的产生,对PI(等电点)超过10的碱性蛋白,通过产生?0~10%?的山梨醇梯度和16%的异丙醇可减少之。亦可用双甲基丙烯酰胺来增加基质的稳定性。
2-DE面临的挑战是高分辨率和重复性。高分辨率确保蛋白程度的分离,高重复性允许进行凝胶间配比(match)。对2-DE而言,有3种方法分离蛋白:1)ISO-DALT(isoelectric focus)以O’Farrell’s技术为基础。向应用载体两性电解质(carrier ampholyte,CA),在管胶内建立pH梯度。随着聚焦时间的延长,pH梯度不稳,易产生阴极漂移。2)NEPHGE(non-equilibrium pH gradient electrophoresis用于分离碱性蛋白(pH>7.0)。如果聚焦达到平衡状态,碱性蛋白会离开凝胶基质而丢失。因此,在等电区域的迁移须在平衡状态之前完成,但很难控制。3)IPG-DALT发展于80年代早期。由于固相pH梯度(Immobilized pH gradient,IPG的出现解决了pH梯度不稳的问题。IPG通过immobiline共价偶联于丙烯酰胺产生固定的pH梯度,克服了IEF的缺点,从而达到高度的重复性。目前可以精确制作线性、渐进性和S型曲线,范围或宽或窄的pH梯度。新的酸性pH 3~5或碱性pH 6~11的IPG凝胶梯度联合商品化的
原创作者:上海顺元生物科技有限公司