首先， EvaGreen® 对 PCR 的抑制性远小于 SYBR Green I 。因此，使用 EvaGreen® 进行的 qPCR 实验可以使用快速 PCR 步骤。同时， EvaGreen 在实验中可以使用较高的浓度，从而获得远强于 SYBR Green I 扩增信号（图 1）。较高浓度的 EvaGreen 也消除了“染料重分布”的缺陷，使 EvaGreen 既可用于多重 PCR ，也可用于高分辨率（高清晰）熔解曲线分析（ HRM ）（图 4 ）。该分析正被越来越多的用于 PCR 后的基因分型和异源双链分析 。由于 SYBR Green I 对 PCR 的抑制性，从而要求其使用浓度必须很低，因此 SYBR Green I 无法解决由低浓度造成的染料重分布问题，既不能用于多重 PCR 也不能用于 HRM 。同时，染料重分布问题也可能影响常规熔解曲线的可靠性，因为低熔点的 DNA 链可能由于这种原因而无法检测到 。

第二， EvaGreen 的稳定性极强。在正常的储存、操作和 PCR 过程中不会被破坏。在缓冲溶液中的染料可以安全的储存在室温或冰箱里，也可以反复冻融。与之相反， SYBR Green I 不稳定而且降解后对 PCR 抑制性更强 。

EvaGreen 降低了细胞膜透性，因而比 SYBR Green 1 更加安全（图 6 ）。独立实验室的测试结果显示， EvaGreen 既没有诱变性也没有细胞毒性 。相反，虽然 SYBR Green I 本身诱变性很弱，但它在细胞中可能抑制了正常 DNA 的修复机制，使其有诱变增强作用 。考虑到 PCR 的广泛使用，其安全性应该足够重视。