数万亿细菌将人体作为居家，但对美国从事细菌组学研究的科学家来说，似乎是无家可归。这是今天《自然》关于细菌组学研究的一个评价。

失去支持

去年科学家完成了一个1.73亿美元的一个元基因组计划。27个NIH研究所有16个共同参与了这个项目。研究人员经过5年的奋斗，去年完成的该项目搜集了大量相关数据，主要是人体所有微生物的基因序列。但是这个计划的学者担心缺乏数据整理和分析的标准和专业知识将导致无法从这些海量数据中获得精确含义。

上周的一个会议上，学者们认为，识别细菌只是万里长征步，将来学者们必须集中力量解释，细菌之间的相互作用，以及细菌们和人体之间的相互作用是如何导致和避免人类疾病发生的。但是这一显然正确的策略将面临的严峻挑战，2014年开始，元基因组研究将不能依靠来自NIH的重点支持。开展这样的大数据研究没钱就别想了。

但不幸的是，虽然这个问题很重要，但如何理解细菌的作用仍是具有极大挑战性的，现在的问题是失去了研究方向。2012年，这个研究项目发表了一系列研究论文，大家现在都挣扎在如何理解这些细菌的功能上面。可谓是不认识的时候想认识，认识了仍不理解，科学总是那么刺激着科学家的神经。没有数据要花钱作数据，有了数据要弄钱理解数据，理解了数据发现有更多不理解的数据，科学就是这样一本类似网络的书，翻开一页，才发现有更多的链接，永远没有尽头。

问题多多

科罗拉多州博尔德大学的Rob Knight认为，元基因组领域目前面临的问题很多。首先是缺乏统一标准。采集细菌样品必须建立一个统一的标准，例如采集皮肤细菌要规定洗澡的时间，采集肠道细菌必须规定好吃饭的时间。虽然学者们尽量选择健康人群建立标准，但往往忽视这些影响因素，导致样本来源的变化非常大。来自患者的样本同样存在各种影响因素。和人类基因组理想和稳定相比，细菌基因组的变化简直就是五花八门。其次是人才缺乏。采集、测序和分析人体成千上万的细菌类型，需要具有不同的知识背景，例如临床伦理学、工程学和生物信息学等方面的知识都不可忽视。这显然也是个棘手的问题。*后一个困难是理解细菌和疾病的关系。到底是细菌导致疾病，还是疾病导致细菌的变化，或者相互都有作用。这又是一个鸡生蛋问题。有一种解决方案需要时间，让学者们采集患者患病前后的细菌样本，来观察疾病和细菌改变那个在前，才可以确定到底谁是原因。他希望细菌的信息或许可以帮助临床医生预测疾病风险，例如那些人容易发生肥胖。

Jobin这几年连续负责评审肠道菌群和肿瘤发生关系的基金，他发现学者们都不喜欢了解细菌到底在干什么，以及如何控制它们的活动。许多申请书都是简单测序，他一般都枪毙这些不属于mechanism-driven不求甚解的非机制驱动性所谓研究。

科学家现在的期望比2003年更高了，那一年人类基因组计划刚刚结束，马里兰大学医学院生物信息学家Owen White说，当你进行人类基因组或动物基因组测序的研究，每个人都知道这是没有任何假说的技术工作。

走向没落

美国国家人类基因组研究所负责监督人类基因组计划，也负责其他基因组相关研究。但是人类元基因组计划没有这样的待遇，开始的5年，元基因组计划获得1.46亿美元NIH的项目资助。这些钱也归美国国家人类基因组研究所管理，利用这些经费开发出一些应用广泛的研究手段。但在后期2014-2016年，只获得可怜的0.15亿美元研究经费，今后的元基因组研究将主要由16个独立的NIH研究所支持。许多学者认为，美国国家人类基因组研究所应该继续负责元基因组的责任，因为元基因组可以作为人类基因组的扩展，但是美国国家人类基因组研究所显然对这个缺乏热情，元基因组未来在于临床应用，但显然这不符合该研究所的职责和定位。

美国国立肿瘤研究所的皮肤病学和元基因组学家Heidi Kong认为，进行临床应用前，需要首先开展深入的基础研究，科学家必须尽量弄清楚这些细菌的功能以及人体对它们的反映才可以进行应用，而不是着急去应用。（转自孙学军/科学网博客）

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