(肽酶与蛋白酶的区别是：蛋白酶将蛋白质水解为多肽，而肽酶将蛋白质水解为氨基酸。)肽酶是一种能够水解肽链的酶。他们是所有生物存活所必需的一种酶，而且在所有蛋白质的编码中，编码肽酶的基因占了2%。在对500个人的肽酶的调查中发现，有14%的的肽酶可以作为药物的靶点（Southan，2001）。肽酶在许多生物过程中扮演重要的角色，包括消化食物蛋白、胞内蛋白循环、凝血级联系统、抗原提呈作用及活化各种蛋白质，包括酶、肽类激素及神经递质等。

许多工业化使用的肽酶都是混合酶，纯化的肽酶用量较少。 肽酶*早用于奶酪的制作，后来早期用于果汁凝乳（根据荷马史诗“伊利亚特”中的记载，使用过无花果汁，包含Ficain酶c01.006）和“凝乳酶”，动物胃中含有凝乳酶（a01.006）。肽酶也可用来嫩化肉类，澄清啤酒，提高奶酪和宠物食品的风味。 在皮革工业中主要用于要去除的毛发，使皮革更柔软（“软化” 和“浸泡”皮革工艺）；然而，许多这些专有产品的序列和有机物的来源都不是公开的。肽酶也广泛使用于清洁材料中，如生物洗涤粉和镜头清洁液。除了作为药物的靶点外，肽酶可以帮助消除胃肠道寄生虫（Anthelminthics）、帮助烧伤患者去除死皮（清创）、测定血团及通过消化软骨以缓解背痛、制疗椎间盘突出（化学溶核术Chemonucleolysis）等。 肽酶在实验室也被广泛用作抑制蛋白试剂，并制造多肽所需的蛋白序列。更近期的实验使用肽酶的抑制特异性处理重组融合蛋白，例如，NIa内肽酶从烟草花叶蚀刻病毒（C04.004）中的病毒多聚蛋白的特定位点：ENLYFQ+G/S。在病毒媒介中特定位点引入带有能够编码特殊蛋白介质（或聚组氨酸及一种蛋白）的核苷酸序列片段从而可以通过加入肽链内切酶而简单的将特定蛋白从混合物中区分出来（Kapust等人，2000年）。肽酶使用的一些例子在表1中列出；Rao的一篇综述列出了更多的例子（Rao等人，1998年）。