ChIP实验研究转录因子，调控因子结合的DNA和组蛋白结合的NDA操作上的区别是什么？

ChIP实验中由于组蛋白在染色质中表达相对较高，表达也较稳定，转录调控因子表达水平很低，往往是瞬时表达。所以组蛋白研究起来更为容易，一般需要105-106个细胞即可完成一个ChIP反应。研究起始样本量（细胞，组织）要是组蛋白的10倍，一般每个反应至少需要107个细胞。另外有些转录因子比较大，往往结合多个核小体，因此在染色质断裂的时候，不太适合使用酶法的处理方式，建议使用超声断裂染色质的方法。因为酶法是化学处理，消化的位点往往比较均一，多是在核小体的连接处，酶消化有可能将核小体断裂的同时打断转录因子与DNA的结合。

ChIP实验中使用超声方法断裂染色质温度不易控制，可能会使蛋白变性，影响ChIP结果，有没有较好的优化方案？

ChIP实验中超声的优化一般从如下几个方面考虑：

1 不建议重复已发表的剪切方案而不进行优化。当仪器不同于文献中所使用的仪器时，尤其如此。

2 目前有各种超声破碎仪器，水浴和基于探头的。在使用基于探头的超声破碎仪时，选择一个适用于您的样品体积的探头。

3 在任何情况下，剪切参数都应当根据您的样品体积、细胞密度和细胞类型而优化。

4 优化应当包括功率设置（超声时间 vs. 间隙时间/休息时间）以及获得长度为200 – 1000 bp的所需的剪切循环数，每个优化实验只优化一种参数；

5 注意时间和功率设置。过度破碎和太高功率设置会损害在免疫沉淀步骤中的表位。降低ChIP信号。

6 始终保持裂解液冰冷，间断超声，而不是连续，因为超声处理产生热量会使染色质变性。

7 在超声破碎过程中避免气泡。泡沫会导致蛋白质的表面变性，可能使染色质损失在气泡中。为了避免这种情况，一开始设为较低功率，再逐步提高。

8 在优化条件时，每个超声破碎循环后通过琼脂糖凝胶电泳分析的长度。剪切不足所产生大的不溶蛋白质:DNA:RNA复合物可能堵塞琼脂糖凝胶的孔，并延缓电泳过程。通过消化蛋白质、逆转交联、酚:提取和沉淀来纯化DNA。

染色质免疫共沉淀（CHIP）实验检测