AllPrep DNA/RNA FFPE Kit专为从FFPE样本中同时纯化基因组DNA和总RNA而设计。该试剂盒可使用同一样本纯化DNA和RNA，而非像其他纯化方法那样，需将样本分为两份再分别进行纯化操作。如将样本分为两份分别纯化DNA和RNA，其纯化出的DNA和RNA来自不同的细胞群落，可能具有不同性质特征。从同一样本中同时纯化DNA和RNA可减少浪费，因为FFPE样本是十分珍贵的样本，通常很难恢复且样本量少。

由于固定和包埋，FFPE样本中的核酸通常都严重片段化，核酸的分子量通常小于从新鲜或冷冻样本中分离出的核酸的分子量。从同一FFPE样本中分离DNA和RNA面临着很大困难：片段化的DNA长度短，且部分是单链结构；因此其更像RNA，而非完整的DNA。片段化DNA这一特性使得用物理方法分离DNA和RNA十分困难。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit使用的溶解方法，从同一个FFPE样本中分别释放DNA和RNA。

尽管标准的质量控制分析（如凝胶电泳或芯片分析方法）无法检测到甲醛的化学修饰，但其对酶分析有严重干扰。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit已经过优化，可程度上逆转甲醛化学修饰，而不引起DNA和RNA的进一步降解。

尽管AllPrep DNA/RNA FFPE Kit已经过优化，可程度上逆转福尔马林化学修饰，而不引起DNA和RNA的进一步降解；但从FFPE样本中纯化获得的核酸不应该用于需要大分子量DNA或完整长度RNA的下游应用。一些应用可能需要进行化学修饰后，再使用片段化核酸（如：设计PCR和RT-PCR的小扩增子）。在cDNA合成中，应使用基因特异性引物，而非oligo-dT引物。如果无法使用基因特异性引物，则可使用任意引物。