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单细胞测序细分肿瘤亚型-齐一生物
单细胞测序是逐个细胞进行的 RNA 转录分析,能够对肿瘤生物学提供更有力的洞察力。但是因成本的限制,只能用在有限数量的肿瘤细胞上。
研究团队设想,结合从有限的肿瘤细胞数量上获得的单细胞 RNA 数据,与已有的大规模研究产生的表达数据相结合的办法,或许能揭示出一些脑癌相关的生物学信息。
星形细胞瘤和少突胶质细胞瘤都被认为是不治之症,但手术和放疗可明显延长生存期。这两种肿瘤被认为是由支持和保护神经元的神经胶质细胞的亚型发育而来的,但在遗传学、外观和基因表达方面都有所不同。虽然这两种类型的肿瘤都含有类似的神经胶质细胞,它们也都含有该细胞类型的标记,这就引起了人们对它们起源于不同类型细胞这一普遍看法的质疑。
研究团队对 10 例星形胶质瘤样本中的 9800 个细胞和 6 例少突胶质瘤样本中的 4300 个细胞进行了单细胞 RNA 测序。再结合癌症基因组 Atlas 中的 165 例转录组数据,研究人员发现,两种肿瘤都含有 3 种癌症细胞:非增殖性细胞(nonproliferating cells)、类神经干细胞(resemble neural stem)和祖细胞(progenitor cells)。其中的非增殖细胞被细分为星形胶质细胞样和少突胶质细胞样。而不同之处主要是遗传学差异,以及肿瘤微环境(如特异性免疫细胞丰度等)组成不同。
文章的通讯作者 Mario Suvà 大夫介绍:“我们的研究重新定义了两种密切相关胶质瘤的细胞组成,它们是以 IDH 基因突变为特征的星形细胞瘤和少突胶质细胞瘤。虽然我们知道它们是基因不同的肿瘤类型,但我们不知道它们是否有类似的起源细胞,或者它们的表达差异是否可以由遗传学、它们发育起源的细胞、或肿瘤微环境来解释。”