微波治疗仪的物理原理是微波的生物效应。人体是一个生物电场，是精妙复杂的电磁兼容系统，这就是电磁波与人体能够相互作用的基础。生物体内的带电粒子，极性分子等在微波的作用下，高速旋转、摩擦和碰撞，从而产生热能。

      微波与生物相互作用后产生各种物理效应分为内生热效应和非致热效应。

       内生热效应就是在微波作用下，组织温度升高从而引起的一序列生理反应。组织升高会引起许多生理反应，包括加热对组织的直接作用和受热后导致血管扩张引起血管、毛细血管压力和细胞膜通透性的增加，使局部白细胞和抗体浓度提高，加快毒素细菌和代谢物排出体外，使局部肌肉痉挛缓解和疼痛消除。

      非致热效应是在微波作用下，不引起生物体温度明显升高的情况下出现的生理反应，主要表现为激活细胞，从而产生解痉、止痛和灭菌等特性。

       微波是一种频率介于300~300000MHZ之间的一种电磁波，它是利用电子在相互垂直的电场和磁场中的状态不断改变而激励处理的高频振荡。微波发生器常用的是磁控管，它实质是一个加有恒定磁场的真空二极管，其阴极发射电子，阳极作为电磁振荡的“电路”称为谐振腔，施以高压直流，使电子在相互垂直的电场和磁场中的状态不断改变而激励出来的高频振荡。