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技术文章
质粒DNA的分离、纯化和鉴定 (二)
材料、设备及试剂
一、材料
含pBS的E. coli DH5α或JM系列菌株,1.5ml塑料离心管(又称eppendorf管),离心管架。
二、设备
微量取液器(20μl,200μl,1000μl), 骏逸台式高速离心机,恒温振荡摇床, 高压蒸汽消毒器(灭菌锅), 涡旋振荡器, 电泳仪,琼脂糖平板电泳装置和 恒温水浴锅等。
三、试剂
1、 LB液体培养基(Luria-Bertani) :称取蛋白胨(Tryptone)10 g,酵母提取物(Yeast extract) 5 g,NaCl 10 g,溶于800ml去离子水中,用NaOH调pH至7.5, 加去离子水至总体积1升,高压下蒸气灭菌20分钟。
2、LB固体培养基:液体培养基中每升加12g琼脂粉,高压灭菌。
3、 氨苄青霉素(Ampicillin, Amp)母液:配成 50mg/ml水溶液, -20℃保存备用。
4、 溶菌酶溶液: 用10mmol/L Tris?Cl(pH8.0)溶液配制成10mg/ml,并分装成小份(如1.5ml)保存于-20℃,每一小份一经使用后便予丢弃。
5、 3mol/l NaAc (pH5.2): 50ml水中溶解40.81g NaAc?3H2 O,用冰醋酸调pH至5.2, 加水定容至100ml, 分装后高压灭菌,储存于4℃冰箱。
6、 溶液Ⅰ:50 mmol/L 葡萄糖,25 mmol/L Tris.Cl (pH8.0), 10mmol/L EDTA (pH8.0)。 溶液Ⅰ可成批配制,每瓶100ml,高压灭菌15分钟,储存于4℃冰箱。
7、溶液Ⅱ:0.2 mol/L NaOH (临用前用10mol/L NaOH母液稀释),1% SDS。
8、溶液Ⅲ:5 mol/L KAc 60ml,冰醋酸 11.5ml, H2O 28.5ml,定容至100ml, 并高压灭菌。溶液终浓度为: K+ 3mol/L, Acˉ 5mol/L。
9、RNA酶A母液:将RNA酶A溶于10mmol/L Tris?Cl(pH7.5), 15mmol/L NaCl中,配成10mg/ml的溶液,于100℃加热15分钟,使混有的DNA酶失活。冷却后用1.5ml eppendorf管分装成小份保存于-20℃。
10、饱和酚:市售酚中含有醌等氧化物,这些产物可引起磷酸二酯键的断裂及导致RNA和DNA的交联,应在160℃用冷凝管进行重蒸。重蒸酚加入0.1%的8-羟基喹啉(作为抗氧化剂),并用等体积的0.5mol/L Tris?Cl (pH8.0)和0.1mol/L Tris?Cl(pH8.0)缓冲液反复抽提使之饱和并使其pH值达到7.6以上,因为酸性条件下DNA会分配于有机相。
11、 氯仿:按氯仿:异戊醇=24:1体积比加入异戊醇。氯仿可使蛋白变性并有助于液相与有机相的分开,异戊醇则可起消除抽提过程中出现的泡沫。 按体积/体积=1:1混合上述饱和酚与氯仿即得酚/氯仿(1:1)。酚和氯仿均有很强的腐蚀性,操作时应戴手套。
12、 TE缓冲液:10 mmo/L Tris?Cl (pH8.0),1 mmol/L EDTA (pH8.0)。高压灭菌后储存于4℃冰箱中。
13、STET:0.1 mol/L NaCl,10mmol/L Tris?Cl(pH8.0),10 mmol/L EDTA (pH8.0), 5% Triton X-100。
14、STE:0.1mol/L NaCl,10mmol/L Tris?Cl(pH8.0),1mmol/L EDTA (pH8.0)。
15、 电泳所用试剂: (1) TBE 缓冲液 (5×):称取 Tris 54g,硼酸27.5g,并加入 0.5M EDTA (pH8.0) 20ml,定溶至1000ml。 (2)上样缓冲液 (6×):0.25% 溴酚蓝,40% (w/v) 蔗糖水溶液。
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