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如果你对这个技术不是很熟悉,建议你从细胞类型、实验条件、对照、抗体等方面来入手。这个试剂盒它可以兼顾多种细胞类型。
对于未固定的细胞,是研究组蛋白PTMs和转录因子理想的实验材料。这种细胞可以有多种来源,包括贴壁、悬浮细胞,组织样品。
CUT&RUN也可以用lightly-crosslinked细胞,样品固定般用于研究些染色质瞬时作用因子和某些PTMs。也可以提取nuclei,这种方法用于研究那些量很少的PTMs和蛋白。另外,当你的实验材料是免疫细胞时,也推荐提取nuclei,因为ConA beads可以激活某些免疫细胞。
对照和标准化是整个实验的关键步骤。阳性对照推荐使用H3K4me3或者H3K27me3,;阴性对照推荐使用Rabbit IgG。你还可以使用spike-in来进行标准化。
在zui近的项研究中,佛罗里达大西洋大学和国家糖尿病、消化和肾脏疾病研究所的科学家们利用CUT&RUN技术建立了个功能性全基因组图谱,该图谱是种称为缺氧诱导因子的蛋白质复合物的特异性结合位点—HIF1α,位于人眼的晶状体中。该团队表示选择CUT&RUN而不是ChIP-seq分析,是因为者不需要DNA-蛋白质交联。此外,与ChIP-seq相比,者成功实验所需的细胞计数J低。
正常而言,随着出生后眼睛的发育,提供健康血液供应的血管随着时间的推移开始萎缩。结果,眼睛中的氧气含量稳步下降,造成缺氧环境。HIF1α作为种蛋白质复合物,可调节身体对缺氧环境的反应,这意味着它可以在晶状体细胞发育和体内平衡中发挥作用。
该实验中收集的数据有助于建立眼晶状体中HIF1αDNA复合物的个功能图,同时也强调了健康晶状体发育对HIF1α的需求。zui终,CUT&RUN技术的这种成功应用,有助于接下来的大量研究,重点是了解某些蛋白质可能对基因表达的作用。
艾美捷作为表观遗传域业的解决方案供应商,推荐EpiGentek的EpiNext CUT&RUN Fast Kit,cat#:P-2028,该试剂盒从低输入提供无超声破碎,以可靠地识别真正的目标蛋白质富集区域并实现高分辨率定位。可满足您快速富集蛋白质结合的DNA并绘制全基因组蛋白质/DNA相互作用的图谱的需求。
来源:https://www.amyjet.com/featured/cutrun-2.shtml
ProSci 艾美捷 CTLA4抗体:蛋白质进行天然翻译后修饰
CTLA4抗体与使用酵母或细菌中制造的蛋白质开发的抗体不同,是使用哺乳动物细胞系中表达的抗原开发的,对蛋白质进行天然的翻译后修饰。
Rockland除了常规的Protein A和Protein G树脂外,还有特异性针对于多种常见种属比如说不同种属的IgG抗体纯化树脂。
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