CUT&Tag技术的四大应用场景

CUT&Tag技术优势——特异性强，背景噪音较低；灵敏度强；重复性较好；成本远低于ChIP-Seq。

CUT&Tag技术原理：

CUT&Tag技术的核心是在Tn5上融合了protein A/G抗体结合功能域的转座体pAG-Tn5。在进行CUT&Tag实验时，先进行靶蛋白特异性抗体（抗）孵育，使抗体进入细胞与靶蛋白结合。为了放大信号，同理接着进行二抗孵育。zui后孵育pAG-Tn5转座体，使得转座体进入细胞并与抗体结合，这样就把转座体间接的固定在靶蛋白上，随后加入Mg2+，激活Tn5酶的切割活性，打断靶蛋白结合的DNA区域。由于Tn5连有测序接头，在打断的同时直接在片段化的DNA上加接头，接着提取DNA，进行PCR扩增构建文库。

：CUT&Tag实验结果进行qPCR分析

CUT&Tag实验所获取的DNA片段可以进行qPCR以检测目的条带的富集情况。CUT&Tag-qPCR与ChIP-qPCR类似，定量的长度、方法、引物设计等几乎完全致。般的实验流程为：细胞与磁珠结合—抗孵育—二抗孵育—转座体孵育—片段化—DNA提取—qPCR检测。整个实验流程不超过10小时。

二：CUT&Tag实验结果进行高通量测序（NGS）分析

CUT&Tag本身是种高通量测序技术，zui终所获取的实验结果也是测序文库。CUT&Tag的文库与ChIP-Seq类似，都是200-1000bp左右的文库。测序所得的数据可以用常规的分析软件进行分析，无需特殊的分析软件。般的实验流程为：细胞与磁珠结合—抗孵育—二抗孵育—转座体孵育—片段化—DNA提取—PCR构建文库—文库纯化—质检—测序。整个实验流程约10小时。

三、CUT&Tag技术对不同的靶蛋白具有广泛的适用性

CUT&Tag与ChIP-seq样，对常见的组蛋白和转录因子具有很好的适用性。多篇引用文章证实，CUT&Tag对RAR、CCKBR、TWIST2（转录因子）、JUN、JUNB、PIM1、Runx1、SOX15等DNA直接或者间接结合蛋白都具有很好的适用性。即CUT&Tag技术适用于全基因组范围内的DNA-蛋白质互作研究。

四、CUT&Tag技术对不同的细胞样本具有广谱的适用性

CUT&Tag技术对实验室常规的模式生物和细胞系都有很好的适用性。这些模式生物包括人、动物、植物、微生物样本。CUT&Tag技术在HepG2 cell、RAW246.7 cell、KYSE cell、Human primary cell、Human Tissure cell、hPSCs、K562 cell、mouse ES cell、HEK293T cell、mouse MEFs cell、mouse embryos cell、mouse brain cell、NIH3T3 cell、CD4+T cell、HeLa S3 cell、H1 hESCs cell、CD8+T cell、果蝇细胞、muscle stem cell、拟南芥、水稻、棉花等细胞样本中已经得到了应用，可见，CUT&Tag技术对实验室常规细胞样本具有广谱的适用性，含有细胞壁的细胞也适用。

艾美捷 CUT&Tag技术 相关研究工具：

cat# 名称   时长

P-2028 EpiNext CUT&RUN Fast Kit  <3小时

P-9018 EpiQuik CUT&RUN m6A RNA Enrichment (MeRIP) Kit  <3小时

P-9016 EpiNext CUT&RUN RNA m6A-Seq Kit  <6小时

P-2032 EpiNext cTIP (CUT&Tag In-Place)-Sequencing Kit  <5小时

来源：https://www.amyjet.com/featured/cutrun-3.shtml