国六柴油车的弊端：柴油车震动大，噪音高，而且柴油质量不高，容易堵喷油嘴和油泵。
国六柴油车制造成本高、对燃油品质要求高、重量高。柴油机的燃油喷射装置，其精密制造难度大，如果使用了劣质燃油会严重缩短喷射装置的寿命。由于，柴油机压缩比很高，需要很高的结构强度，因此重量、体积会比较大。
国六柴油车价格更加昂贵，因为短时间内上新国六车，这需要车企在这中间投入大量的时间资金来进行研发，才能保证它的快速面市，所以很可能会出现同一款车型、同样的配置，但就是因为排气标准的不同，国六的价格会比国六的价格更加昂贵，可能会导致一些想要买车的朋友望而却步。
国六柴油车长时间使用油耗会变高，国六发动机都有的DPF（柴油机颗粒物捕集器），现在的燃油国六来说，他就要求不但要加尿素，还要DPF。对于DPF来说，他的具体作用是过滤尾气中的碳烟，不过当时间长了以后，DPF收集的碳烟就可能会造成堵塞排气管，从而影响排气，导致发动机的动力减弱，油耗也在一定程度增高。
这就是说如果你没使用低灰分的国六机油，用了国五甚至更低标号的机油，这类机油中的灰分物质无法烧掉，终导致DPF堵塞。这样就会损害你的爱车，建议使用正规的国六机油，不要贪图小便宜。